县境海洋生物种类繁多，主要经济鱼类有170多种，贝类40多种，虾类200多种，头足类50多种。其中着名的有合浦珍珠、牡蛎、文昌鱼、青蟹、毛蚶、文蛤、枪乌贼﹙鱿鱼﹚、方格星虫﹙沙虫﹚、海蜇等。还有国家二级保护动物—被称为活化石的中国鲎，以及大米草、茜草等众多藻类，珍稀海洋动物儒艮和中华白海豚等，其中儒艮是国家一级保护动物。据1983--1986年广西海岸带和海涂生物资源调查资料，合浦沿海海洋生物共1500多种。其中有儒艮、文昌、鲎、海龟、海豚等珍稀动物，也有多种鱼类、甲壳类、贝类。陆地及淡水植物815种，有经济价值的450种。乔灌木有300种，81科，225属。陆地及淡水的动物种类更多，淡水鱼一类就有50多种，虾35种，蟹191种，益虫类也有8目、44科、307种。植物以红树林植物最为着名，常见种有木榄、红海榄、桐花树、白骨壤、秋茄、老鼠篙、苦槛兰、卤蕨，滨海红树林可净化环境，也可以防浪抗潮、保护堤围，促进潮滩涨淤。它对于县境海湾、河口生态平衡起着重要作用。红树林主要分布于县境东南山口、白沙及西南部西场等乡镇。1990年国务院批准在山口建立“国家级红树林生态自然保护区”。海洋动物主要有哺乳类的儒艮、海豚、鲸、爬行类的海龟、玳瑁，经济鱼类，头索动物文昌鱼，甲壳类的蟹、虾，软体动物类的贝、蛤、蚶、尤鱼等。